COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 9.294424 9.294424 10.554808
2021-05-07 17:00:00 10.000190 10.000190 10.773147
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 10.962786
2021-05-05 17:00:00 9.256102 9.256102 11.151908
2021-05-04 17:00:00 9.659440 9.659440 11.250513
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 11.533324
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 11.794065

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 4.711752 4.711752 9.091644
2021-05-07 17:00:00 11.180833 11.180833 9.142902
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 9.309136
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 9.391841
2021-05-04 17:00:00 5.494505 5.494505 9.442857
2021-05-03 17:00:00 9.762533 9.397163 9.344064
2021-05-02 17:00:00 15.014164 9.295528 9.347370

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 16.093535 16.093535 17.023184
2021-05-07 17:00:00 19.077901 19.077901 17.453611
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 17.785457
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 18.153671
2021-05-04 17:00:00 11.960133 11.960133 18.087625
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.746398 18.232585
2021-05-02 17:00:00 22.383721 10.976479 18.478104

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 11.637631 11.637631 10.003607
2021-05-07 17:00:00 12.704687 12.704687 10.007875
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 10.101799
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 10.280520
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 10.415364
2021-05-03 17:00:00 13.028571 6.791778 10.596457
2021-05-02 17:00:00 14.689266 8.686409 10.875858

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 7.589980 7.589980 8.805544
2021-05-07 17:00:00 9.070027 9.070027 9.066259
2021-05-06 17:00:00 9.095861 9.095861 9.321968
2021-05-05 17:00:00 8.225797 8.225797 9.509076
2021-05-04 17:00:00 10.082570 10.082570 9.720610
2021-05-03 17:00:00 18.101170 6.260200 10.187582
2021-05-02 17:00:00 12.656806 12.656806 10.526164

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 22.107125 22.107125 20.098557
2021-05-07 17:00:00 21.796797 21.796797 21.033959
2021-05-06 17:00:00 16.522960 16.522960 21.322685
2021-05-05 17:00:00 13.004172 13.004172 21.385611
2021-05-04 17:00:00 16.079077 16.079077 21.700049
2021-05-03 17:00:00 31.344743 31.344743 22.373130
2021-05-02 17:00:00 36.398467 36.398467 23.013945

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 4.497751 4.497751 5.680609
2021-05-07 17:00:00 4.240631 4.240631 5.924941
2021-05-06 17:00:00 5.184705 5.184705 6.367359
2021-05-05 17:00:00 6.533984 6.533984 6.534495
2021-05-04 17:00:00 8.060606 8.060606 6.835278
2021-05-03 17:00:00 7.858243 7.858243 7.096743
2021-05-02 17:00:00 2.988792 2.988792 7.381818

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 5.396208 5.396208 5.214722
2021-05-07 17:00:00 6.050085 6.050085 5.274846
2021-05-06 17:00:00 5.177644 5.177644 5.290665
2021-05-05 17:00:00 4.199659 4.199659 5.331711
2021-05-04 17:00:00 4.623445 4.623445 5.344304
2021-05-03 17:00:00 9.788242 5.441473 5.362643
2021-05-02 17:00:00 11.804142 5.396678 5.427737

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 9.257562 9.257562 9.227889
2021-05-07 17:00:00 6.859206 10.366168 9.469731
2021-05-06 17:00:00 8.033573 8.033573 9.675445
2021-05-05 17:00:00 8.326180 8.326180 9.908389
2021-05-04 17:00:00 8.527542 8.527542 10.014288
2021-05-03 17:00:00 11.728931 9.386617 10.293212
2021-05-02 17:00:00 12.617114 12.617114 10.566735

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 8.807339 8.807339 9.353172
2021-05-07 17:00:00 10.244016 10.244016 9.482500
2021-05-06 17:00:00 11.626399 11.626399 9.680332
2021-05-05 17:00:00 9.270616 9.270616 9.913322
2021-05-04 17:00:00 9.111096 9.111096 10.017141
2021-05-03 17:00:00 8.229974 3.709743 10.468054
2021-05-02 17:00:00 11.111111 11.111111 10.788249

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 9.577677 9.577677 10.671805
2021-05-07 17:00:00 12.519936 12.519936 10.831275
2021-05-06 17:00:00 11.491443 11.491443 10.906793
2021-05-05 17:00:00 10.919089 10.919089 10.952440
2021-05-04 17:00:00 9.310817 9.310817 10.970782
2021-05-03 17:00:00 18.553459 10.554197 10.783793
2021-05-02 17:00:00 13.552361 11.201502 10.837993

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 5.708661 5.708661 5.712279
2021-05-07 17:00:00 4.709576 4.709576 5.678121
2021-05-06 17:00:00 2.320675 6.223629 5.756852
2021-05-05 17:00:00 3.533569 5.714286 5.749558
2021-05-04 17:00:00 1.103753 6.512141 5.628914
2021-05-03 17:00:00 6.162465 6.162465 5.578416
2021-05-02 17:00:00 6.167401 6.167401 5.441702

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 6.672598 6.672598 7.090698
2021-05-07 17:00:00 7.110092 7.110092 6.921980
2021-05-06 17:00:00 7.969152 7.969152 6.825189
2021-05-05 17:00:00 10.075027 10.075027 6.652680
2021-05-04 17:00:00 5.581040 5.581040 6.437309
2021-05-03 17:00:00 1.785714 6.227758 6.300955
2021-05-02 17:00:00 3.559071 7.000486 6.260306

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 7.292954 7.292954 10.708591
2021-05-07 17:00:00 11.936340 11.936340 11.617511
2021-05-06 17:00:00 6.647399 6.647399 12.483823
2021-05-05 17:00:00 2.505967 15.517241 13.668859
2021-05-04 17:00:00 21.428571 21.428571 14.934732
2021-05-03 17:00:00 1.724138 4.438642 16.386093
2021-05-02 17:00:00 16.666667 16.666667 18.020970

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 9.951557 9.951557 11.970540
2021-05-07 17:00:00 13.170287 13.170287 12.171156
2021-05-06 17:00:00 12.663021 12.663021 12.432088
2021-05-05 17:00:00 14.200030 14.200030 12.799333
2021-05-04 17:00:00 9.753483 9.753483 12.885675
2021-05-03 17:00:00 12.355908 13.275149 12.876888
2021-05-02 17:00:00 23.214286 10.756148 13.192278

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 37.653846 37.653846 30.279563
2021-05-07 17:00:00 23.193815 23.193815 30.742938
2021-05-06 17:00:00 27.543970 27.543970 31.384553
2021-05-05 17:00:00 22.488957 31.803368 31.737963
2021-05-04 17:00:00 27.919609 27.919609 31.510584
2021-05-03 17:00:00 12.894534 39.568899 32.061330
2021-05-02 17:00:00 72.192513 23.594524 32.811383

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 5.221675 5.221675 4.603255
2021-05-07 17:00:00 5.688519 5.688519 4.793805
2021-05-06 17:00:00 4.334575 4.334575 4.894122
2021-05-05 17:00:00 5.604321 5.604321 5.102508
2021-05-04 17:00:00 4.260549 3.516484 5.237117
2021-05-03 17:00:00 5.041322 2.065696 5.305914
2021-05-02 17:00:00 4.265566 4.265566 5.569729

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 9.831331 9.831331 9.717465
2021-05-07 17:00:00 7.589679 10.711139 9.730112
2021-05-06 17:00:00 10.596844 9.957541 9.765380
2021-05-05 17:00:00 8.444924 8.444924 9.827987
2021-05-04 17:00:00 10.565773 10.565773 9.850505
2021-05-03 17:00:00 11.495693 8.479667 10.028914
2021-05-02 17:00:00 14.577039 8.980399 10.170155

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 7.319186 7.319186 8.199375
2021-05-07 17:00:00 7.477515 7.477515 8.305051
2021-05-06 17:00:00 9.235225 9.235225 8.459179
2021-05-05 17:00:00 8.917656 8.917656 8.590483
2021-05-04 17:00:00 6.984171 6.984171 8.657577
2021-05-03 17:00:00 15.650741 6.559264 8.746696
2021-05-02 17:00:00 12.760007 12.760007 8.941024

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 12.064677 12.064677 11.507616
2021-05-07 17:00:00 13.200000 13.200000 11.471676
2021-05-06 17:00:00 12.595420 12.595420 11.407008
2021-05-05 17:00:00 13.617464 10.187110 11.345812
2021-05-04 17:00:00 10.710383 10.710383 11.222110
2021-05-03 17:00:00 21.084337 11.922141 11.240494
2021-05-02 17:00:00 27.777778 12.054121 11.389401

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 16.528926 16.528926 17.879095
2021-05-07 17:00:00 23.287671 23.287671 18.175954
2021-05-06 17:00:00 23.668639 23.668639 18.938438
2021-05-05 17:00:00 8.450704 8.450704 19.259814
2021-05-04 17:00:00 10.638298 10.638298 19.559808
2021-05-03 17:00:00 40.579710 13.793103 20.792529
2021-05-02 17:00:00 21.100917 21.100917 21.648209

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-08 17:00:00 13.765701 13.765701 16.495751
2021-05-07 17:00:00 12.075254 12.075254 16.903249
2021-05-06 17:00:00 18.058211 18.058211 17.533279
2021-05-05 17:00:00 18.122111 18.122111 18.171159
2021-05-04 17:00:00 21.149897 21.149897 18.676892
2021-05-03 17:00:00 18.019802 9.302326 19.518704
2021-05-02 17:00:00 13.260782 30.894800 20.236325

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.711752 4.711752 9.091644
Basilicata 16.093535 16.093535 17.023184
Calabria 11.637631 11.637631 10.003607
Campania 7.589980 7.589980 8.805544
Emilia-Romagna 22.107125 22.107125 20.098557
Friuli Venezia Giulia 4.497751 4.497751 5.680609
Lazio 5.396208 5.396208 5.214722
Liguria 9.257562 9.257562 9.227889
Lombardia 8.807339 8.807339 9.353172
Marche 9.577677 9.577677 10.671805
Molise 5.708661 5.708661 5.712279
P.A. Bolzano 6.672598 6.672598 7.090698
P.A. Trento 7.292954 7.292954 10.708591
Piemonte 9.951557 9.951557 11.970540
Puglia 37.653846 37.653846 30.279563
Sardegna 5.221675 5.221675 4.603255
Sicilia 9.831331 9.831331 9.717465
Toscana 7.319186 7.319186 8.199375
Umbria 12.064677 12.064677 11.507616
Valle d'Aosta 16.528926 16.528926 17.879095
Veneto 13.765701 13.765701 16.495751

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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